Я делаю так: переименовываю папку Nuendo 4 (C:\Users\ (пользователь) \AppData\ Roaming\ Steinberg\ Nuendo 4), запускаю Nuendo - папка с названием Nuendo 4 создалась заново. Закрываю Nuendo. Затем содержимое старой переименованной папки копирую в новую, только что созданную с заменой файлов. Запускаю Nuendo - все пресеты на месте.

Ещё вариант: надо открыть Media->Open MediaBay и пересканировать папку VST Sound.